「ウルトラユウスケ」と「アグレッサー星人」の戦いから5年。巨大化した状態から元に戻れなくなったウルトラユウスケこと高山雄介は大学を卒業し、政府の支援を受けながら生活していた。

そんなある日、戦いに敗れ政府の監視下に置かれていたアグレッサー星人が脱走したという知らせが雄介の元に届く。さらに時を同じくして、宇宙からは凶悪な生物「破滅招来壊獣デストラーク」が現れ、人々を襲い始めた。

雄介は怪獣を追って地球に訪れたという特撮ヒーローのような宇宙人「ガルガット」と共にデストラークやアグレッサー星人と戦う。
だが彼はまだ気づいていなかった。自分の知らないところ、自分の戦いの裏で死んでいった「守れなかった人々」の存在に…